在南京民間流傳著這樣一個傳說，詭異傳說當年朱元璋出殯之后，女人每到夜里，哭聲朱元璋陵墓里面就會傳出一個女人的讓人哭聲，特別是不寒在深夜，那哭聲凄涼悲苦。而栗有大膽的朱元璋陵百姓，夜里就組織著去孝陵的地宮口處打聽究竟，在女人時斷時續的哭聲中，他們這才知道了原委。
這得從謎一般的朱元璋的死亡時間及墓葬所在地說起。對于朱元璋到底是哪天死的?按說這是很清楚的事情，為什么史書上要寫得模糊?這與朱允炆給朱元璋選擇下葬時間不當，“嫌其太速，事理有不盡然者”，為掩人耳目啊，故意混淆是非。
根據《明皇大政記》等史書的記載，堂堂一位開國之君，死后幾天即下葬了，那么多分封在外地的王子都沒有趕回來啊!這正常么?所以，朱棣在聽說侄兒把他老子匆匆埋了后，十分惱火。
談遷的《國榷》記載，“燕王入臨，將至淮安”，以為父親奔喪為名，要找朱允炆討說法，這為以后篡位找到了第一理由。《明皇大政記》記載，“故燕王移檄，亦有此句，且指以為罪。則葬之的據甚明。”
除此之外，民間還有一個說法，來驗明這個觀點。據說當年孝陵內每到夜里就傳出一個婦人的哭聲，原來這是馬皇后的哭聲，后來大搞法事才沒有了哭聲。馬皇后為什么要哭?
說是一人空守一座孤墳，悲傷所致啊，“后來孝陵傳夜哭，應緣馬后悲孤獨”，即是這個說法，也有人認為是那些慘死的妃嬪。朱允炆遵遺詔、依古制，凡沒有生育過的后宮嬪妃，皆令殉葬。
