加利福尼亞大學(xué)歐文分校領(lǐng)導(dǎo)的研究一項(xiàng)新研究發(fā)現(xiàn)了一種識別生物標(biāo)志物的新方法，可以幫助早期癌癥診斷。促進(jìn)這項(xiàng)研究的癌癥重點(diǎn)是肺癌，但是診斷這種被稱為“細(xì)胞異質(zhì)性調(diào)整的甲基化甲基化（CHALM）”方法也已針對衰老和阿爾茨海默氏病進(jìn)行了測試，有望用于研究其他疾病。研究

“我們發(fā)現(xiàn)CHALM方法可能是促進(jìn)幫助研究人員從基于序列的甲基化數(shù)據(jù)中鑒定出更可靠的差異甲基化基因的有價(jià)值的工具，”格雷斯·貝爾（Grace B. Bell）主席，癌癥生物信息學(xué)教授Wei Li說。診斷 “對于臨床醫(yī)生來說，研究這種方法可以幫助他們識別更多有用的促進(jìn)生物標(biāo)記物，從而幫助癌癥診斷，癌癥這是診斷傳統(tǒng)的方法所忽略的。”

該研究發(fā)表在《Nature communications》雜志上，研究標(biāo)題為“Cellular Heterogeneity-Adjusted cLonal Methylation (CHALM) improves prediction of gene expression”，促進(jìn)研究揭示了從測序數(shù)據(jù)計(jì)算DNA甲基化水平時(shí)考慮細(xì)胞異質(zhì)性的癌癥重要性。

“將我們的CHALM方法應(yīng)用于肺癌數(shù)據(jù)集之后，我們能夠鑒定出更可靠的且與生物學(xué)功能相關(guān)的差異甲基化基因。應(yīng)用我們的CHALM方法可能會導(dǎo)致更好的早期癌癥檢測，”Li說。

通過使用傳統(tǒng)的方法識別癌癥生物標(biāo)記物，基因表達(dá)與啟動子甲基化之間的相關(guān)性往往較弱，尤其是對于甲基化程度較低的基因而言。這項(xiàng)新研究發(fā)現(xiàn)CHALM方法可以更可靠地鑒定傳統(tǒng)方法無法檢測到的甲基化標(biāo)記。

資訊出處：New study points to better diagnostics for cancer

原始出處：Jianfeng Xu et al, Cellular Heterogeneity–Adjusted cLonal Methylation (CHALM) improves prediction of gene expression, Nature Communications (2021). DOI: 10.1038/s41467-020-20492-7

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