接種本疫苗后，流腦有些寶寶的疫苗身體不適應會產生一些輕微的反應，一般無嚴重的不良局部反應和全身反應的。該不良反應是流腦由疫苗引起的一種邊際效應，與疫苗產生免疫的疫苗初衷無關。疫苗副反應也就是不良發生在免疫接種后的任何不利反應。

流腦疫苗不是流腦對每個孩子都有副反應，如果有個別兒童接種后，疫苗局部出現紅暈、不良硬結，流腦全身反應有低熱，疫苗偶有過敏反應。不良一般發熱都是流腦低熱，極少數為高燒，疫苗所以不必擔心，不良只能用物理降溫，如冰塊或冷毛巾降溫，過了反應就沒事了。大多數接種者在接種后10～24小時出現，一般1～2天自行恢復。

在注射a群流腦疫苗前也應該搞清楚狀況，看看自己是否適合注射，以免產生嚴重的不良反應。其中，中樞神經系統感染的病人不能接種；有高熱驚厥史的人不能接種；有嚴重心臟、肝臟、腎臟疾病，尤其是臟器功能不全者不能接種；有精神系統疾病和精神病的人不能接種；有過敏史的不能接種；如發燒或正處于疾病的急性期，也不宜接種流腦疫苗，可以等康復后再補種。