老天母和女子小隊眾人逃離，粵港游擊而禿鷹被種了病毒，隊第為了怕連累老天母，粵港游擊禿鷹自盡。隊第劉成帶兵查找被放出的粵港游擊50個感染了病毒的人，只剩下一個宋三。隊第劉成和小紅終于在妓院找著了他，粵港游擊把這些人隔離后，隊第劉成向金站長申請兵力營救女子小隊，粵港游擊可是隊第卻被金站長拒絕。
老天母和女子小隊反戈一擊，粵港游擊俘虜了馮爺及其手下，隊第馮爺招供，粵港游擊他背后的隊第大老板實際上是軍統區的汪副站長，劉成因為向金站長調兵失敗，粵港游擊轉而求助共黨阻止聯絡人老張，不想兩人見面途中，忽然有人闖入，老張為保護劉成身亡，劉成逃出后又遭遇一個軍統的神秘男子，混戰中，小紅身亡。薛敏等人悄悄潛入城內，為的是調查汪副站長一事。
粵港游擊隊第28集劇情介紹柳生美子收買了汪副站長，打算假借為12軍團的士兵打防疫疫苗的借口，實際上打的是鼠疫病毒，讓12軍團的士兵上戰場時，把病毒傳染給其他軍團。
劉成等人發現此陰謀，現身阻止，汪副站長陰謀敗露，落荒而逃。劉成等人銷毀了病毒，然而薛敏卻不幸被柳生美子所俘，并注射了病毒，柳生美子為保住最后的病毒體將薛敏劫走，劉成等人焦急尋找，此時老天母帶著馮爺趕至，似乎有很重要的事要告知他們。
粵港游擊隊第29集劇情介紹劉成等人從老天母處得知，原來日本人要介入商會，意圖利用義賣會傳播鼠疫病毒。柳生美子從薛敏身上提取了鼠疫病毒，并且想要給薛敏做活體解剖以研究病毒，被薛敏逃脫。劉成等人遍尋薛敏不著，薛敏打來電話，通知劉成等人迅速去阻止義賣會，日本人將通過香水傳播病毒。
義賣會上，日本人陰謀敗露，氣急敗壞的柳生美子強迫周團長的夫人把香水喝下去，被劉成等人阻止，柳生美子和野村被劉成等人關進監獄，黑藥計劃失敗。薛敏死里逃生，冷月知道了薛敏和劉成的共黨身份。渡邊找來寺島，特訓了一支影子部隊，相貌身形與女子小隊類似，為的是對付女子小隊，小隊成員腹背受敵。
粵港游擊隊第30集劇情介紹金站長和劉成押送柳生美子等人，路上被假冒的女子小隊的影子部隊的人劫了車，影子部隊的人將柳生美子救走，劉成和金站長誤會了女子小隊的隊員，金站長下令關押女子小隊，誰知薛敏等人竟然越獄。
國軍正在進行一個重要的鐵血炮兵計劃，為此，上峰特地調了一名團長岳青山到此。金站長帶領劉成去接岳太太，半路又被影子部隊將岳太太劫走，金站長和劉成對女子小隊的誤會漸深。共黨組織上要求劉成盡量爭取岳青山。
