相傳，林突公元1276年(注：原文如此，然消康熙十三年應為1674年)，康熙突然下旨三千御林軍火燒南少林！這究竟是怎么回事呢？這其中必定有著一段驚心動魄的故事。
于是，莆田最先開始了他們的尋找，在林山村中，文物普查隊發現了一口刻有“僧兵”銘文的北宋石槽。有關專家論證，“僧兵”是南少林寺獨有的編制。從而，推斷出石槽的所在地——林泉院就是傳說中的南少林。
然而，泉州的兩本祖譜——《清源金氏族譜》和《西山雜志》更有詳細記載，泉州存在過一座規模宏大的少林寺。不料，此時的福清出示了更為確鑿的證據，出土的文物、古代的地圖、以及相關的文獻資料，一致指向福清的確存在著一座少林院。
然而，中國社會科學院的教授羅炤的研究發現，卻讓南少林之謎進入了更深層次的探索。羅炤發現了福建閩南小鎮的一種幾乎絕跡的特殊的佛教派別——香花僧。香花僧也侍奉佛祖，為民眾做喪喜事，宏揚佛法。但卻有不同于正宗的佛教叢林的地方，他們可以殺生吃葷，可以娶妻生子。
奇怪的是，香花僧的傳人，有一本神秘的秘典——香花僧秘典。這本秘典中隱藏著一個天大的秘密，它揭開了兩百多年前的一個夜晚，南少林寺為何突然消失得無影無蹤，以及寺院遺址的真正所在地。
歷史的真相是，國家民族的仇恨，胞兄盟弟的慘死之恨，促使道宗立志定要洗雪追報，但眼前的政治軍事局勢復雜多變，未來難以把握，需要激勵徒眾在任何情況下都不忘血仇，堅持反清，這就需要傳下口頭與文字的囑托。
于是以道宗為中心，前有萬禮、后有蔡祿，這一曲壯烈而又曲折的歷史悲歌。納入九座寺的南少林僧人南下東山開辟古來寺、并且古來寺確在清康熙的幾次遷界，被焚毀過的框架之中。因此，火燒少林寺、僧人南逃的故事便應運而生。
人們注意到，《西山雜志》中提到少林寺建于泉州清源山麓，而《香花僧秘典》中的九座寺，位于興化清源。福清少林院的所在地東張鎮，在歷史上也曾經被稱為清源里。那么，三座寺院的所在地都曾經被稱為"清源"，這僅僅是一種巧合嗎？(再從地圖上來看，福清臨近莆田，公元980，清源里歸興化縣管轄。
至今為止，福建出現六座少林寺，仙游的九座寺、東山的古來寺、詔安的長林寺、福清少林寺、泉州東禪少林寺以及莆田林泉院，究竟哪一座才是傳說中的'南少林'呢？
仙游就在泉州的北邊，公元742年，仙游隸屬泉州管轄，當時的泉州名為清源郡，而原清源則改名為仙游。)在中國的歷史長河中，由于朝代的更替，地域名稱和管轄范圍的變動，致使南少林遺址始終謎案重重。當然，也可以有另一種解釋，那座神秘的"南少林"，應是福建多座寺院的化身。
